Zur Optimierung der Speicherkapazitäten bezüglich der Plattenkapazität und der Zugriffsgeschwindigkeit empfiehlt sich die physische Reorganisation nach der Durchführung der Auftragsreorganisation. Die Dateien sind nicht mit der neuen Funktion REUSEDLT(*YES) bei dem Befehl CRTPF definiert, so dass der Speicherplatz erst mit dem Befehl RGZPFM wieder verfügbar gemacht wird. Die Reorganisation der Dateien ist zeitkritisch. Sie kann bei entsprechend großen Datenmengen unter Umständen nicht in einem Nachtlauf bewältigt werden. Falls die Reorganisation der Dateien zu einem passenden Zeitpunkt manuell durchgeführt werden soll, muss der Betriebssystembefehl "RGZPFM" in Verbindung mit folgenden Dateien benutzt werden:
| VKOPFP | Auftragskopfdatei |
| VACHAP | Auftragschargendatei |
| VKPOSP | Auftragskomponenten |
| VTEXTP | Textdatei |
| VLKOPP | Lieferscheinkopfdatei |
| VLPOSP | Lieferscheinpositionsdatei |
| VLCHAP | Lieferscheinchargendatei |
| VKLPOP | Lieferscheinkomponenten |
| VRKOPP | Rechnungskopfdatei |
| VRPOSP | Rechnungspositionsdatei |
| VKRPOP | Rechnungskomponenten |
| VHISTP | History-Datei |
| UABZUP | Zuschlagsdatei |
| UASMKP | Auftragsbezogene Sachmerkmale |
| UTEXTP | Auftragsbezogene Textbausteine |
| UTXBSP | Schlüssel für auftragsbezogene Textbausteine |
| UVPOSP | Verpackungspositionen |